信頼できる史料によると、永禄12年（1569年）頃から木下秀吉（のち羽柴に改姓）らと共に織田氏支配下の京都近辺の政務に当たったとされる。義昭と信長が対立し始めると、義昭と袂を別って信長の直臣となった。各地を転戦して、元亀2年（1571年）頃比叡山焼き討ちで武功を上げ近江国の滋賀郡（約5万石）を与えられ、坂本城を築いて居城とした。天正3年（1575年）に、惟任（これとう）の姓、従五位下、日向守の官職を与えられ、惟任日向守と称した。
城主となった光秀は、石山本願寺（高屋城の戦い、天王寺の戦い）や信長に背いた荒木村重と松永久秀（有岡城の戦い・信貴山城の戦い）を攻めるなど近畿の各地を転戦しつつ、丹波国の攻略（黒井城の戦い）を担当し、天正7年（1579年）までにこれを平定した。この功績によって、これまでの近江国滋賀郡に加え丹波一国（約29万石）を与えられ計34万石を領し、丹波亀山城・横山城・周山城を築城した。京に繋がる街道の内、東海道と山陰道の付け根に当たる場所を領地として与えられたことからも、光秀が織田家にあって重要な地位にあったことが伺える。
また丹波一国拝領と同時に丹後の長岡（細川）藤孝、大和の筒井順慶等、近畿地方の織田大名の総合指揮権を与えられた。これら与力の所領を合わせると240万石ほどになり近年の歴史家には、この地位を関東管領になぞらえて「山陰・畿内管領」と呼ぶ者もいる。天正9年（1581年）には、京都で行われた信長の「閲兵式」である「京都御馬揃え」の運営を任された。
『明智光秀公家譜覚書』によると、変後の時期に光秀は参内し、従三位・中将と征夷大将軍の宣下を受けたとされる。
光秀は信長を討った後、朝廷や京周辺の町衆・寺社などの勢力に金銀を贈与した。また、洛中及び丹波国に、地子銭（宅地税）の永代免除という政策を敷いた。これに対し、正親町天皇は、変の後のわずか7日間に3度も勅使を派遣している。ただし、勅使として派遣されたのは吉田兼和である。
小泉策太郎『明智光秀』、裳華書房、明30
奥村恒次郎『明智光秀』、国立国会図書館、明43
高柳光寿、日本歴史学会編『明智光秀』、吉川弘文館（人物叢書日本歴史学会編 1）、1958、299p
高柳光寿、日本歴史学会編『新装版明智光秀』、吉川弘文館（人物叢書日本歴史学会編集）、1986、299p
青木晃[ほか]編『畿内戦国軍記集（和泉選書 ; 39）』、和泉書院, 1989, 238p – 年代記・軍記の4作品を影印・翻刻により紹介している書。明智光秀叛逆の原因からその遺骸のはりつけまでを述べた「山崎合戦記」（聖藩文庫本）を収録。
藤田達生、『謎とき本能寺の変』、講談社（講談社現代新書#1685）、2003, 200p
谷口克広『信長軍の司令官』（中公新書）、中央公論新社1782、2005年:ISBN 4-12-101782-X
『歴史群像 No.70』、学研、2006年- 史伝 明智光秀
谷口克広、『検証- 本能寺の変』 吉川弘文館（歴史文化ライブラリー#232）、 2007, 263p
永井寛、『明智光秀』、三一書房、1999
光秀は京都を押さえたが、協力を求めた細川藤孝や筒井順慶の態度は期待外れだった。本能寺の変から11日後の6月13日（西暦7月2日）、新政権を整える間もなく、本能寺の変を知って急遽毛利氏と和睦して中国地方から引き返してきた羽柴秀吉の軍を、現在の京都府大山崎町と大阪府島本町にまたがる山崎で迎え撃つことになった。
決戦時の兵力は、羽柴軍2万4千（2万6千から4万の説もあり）に対し明智軍1万2千（1万6千から1万8千の説もあり）。兵数は秀吉軍が勝っていたが、明智軍は当時の織田軍団で最も鉄砲運用に長けていたといわれる。合戦が長引けば、明智軍にとって好ましい影響（にわか連合である羽柴軍の統率の混乱や周辺勢力の光秀への味方）が予想でき、羽柴軍にとって決して楽観できる状況ではなかった。
定説で光秀は美濃の明智氏の出身で明智光綱の息子とされるが、前半生が不透明なこともあって以下の異説が存在する。
土岐元頼の息子
進士信周の次男
御門重兵衛をいう者が明智氏を名乗った
若狭国小浜の刀鍛冶・藤原冬広の次男
1582年（天正10）6月2日、明智光秀（あけちみつひで）が京都本能寺に主君織田信長を襲って自殺させた事件。この年3月、甲斐（かい）（山梨県）の武田氏を滅ぼした信長は、帰国後、安土（あづち）など本拠地の経営を固めたり、徳川家康を招いたりした。そのあと、備中（びっちゅう）（岡山県）で毛利（もうり）氏と対陣している羽柴（はしば）（豊臣（とよとみ））秀吉を応援するため、6月1日、京都四条の本能寺に入った。このとき中国出陣を命ぜられた明智光秀は家臣と謀り、丹波（たんば）（京都府）亀山城を出ると兵を京都に向け、本能寺を囲んで信長を自殺させた。ついで光秀の兵は二条御所の織田信忠（のぶただ）を襲い、信忠も自殺した。このころ、信長の勧めにより堺（さかい）を見物していた徳川家康は本能寺の変を知るや、ただちに伊賀越（いがごえ）の間道をとって伊勢（いせ）路に抜け、三河（みかわ）（愛知県）へ逃げ帰った。しかし光秀も、中国陣より兵を返した秀吉と山崎（京都府大山崎町）に戦って敗走、小栗栖（おぐるす）（宇治市）で農民に刺殺された。
明智光秀といえば「主殺し」、「三日天下」など、ありがたくない代名詞がつくのが一般的である。しかしながら、歴史を大きく転回させたキーマンであることは疑うべくもない。
同時に光秀ほど謎に満ち、歴史的興味をかりたててくれる人物も、そう多くはない。
また、戦国期の武将の中で光秀が特異な存在で一人浮いて見えてしまうのはどうしてだろうか。私の感覚ではあるが、信長・秀吉・家康に代表される戦国武将は歴史上の勝者敗者を問わず、現実世界からかけ離れた人物であるのに対し、光秀については、その栄光も苦悩も挫折も現代に通じるドキュメンタリとしてとらえることができるのである。
清和源氏の土岐氏の支流明智氏に生まれ、父は明智光綱といわれる。生年は『明智軍記』の享禄元年（1528年）説、『綿孝輯録』の大永6年（1526年）説、また『当代記』の付記による永正12年（1515年）説など複数ある場所は岐阜県可児市明智の明智城、山県市美山出身という2つの説が有力とされる。また恵那市明智町の明知城という説もあるが、こちらは遠山氏の築城した城でもあるので伝承に過ぎない。
青年期の履歴は不明な点が多いが、通説によれば、美濃国の守護土岐氏の一族で、戦国大名の斎藤道三に仕えるも、弘治2年（1556年）、道三と義龍の争いの際、道三方に味方し、義龍に明智城を攻められ一族が離散したとされる。その後、母方の若狭武田氏を頼り、のち越前国の朝倉氏に仕えた。なお、『永禄六年諸役人附』に見える「明智」を光秀と解し、美濃以後朝倉氏に仕えるまでの間、足軽大将として13代将軍足利義輝に仕えていたとする説もある。また、今川氏・毛利氏には仕える寸前までいったとされる。『信長公記』は光秀自身の出自に朝廷と深い関わりがあったとしている。
小栗栖で襲われ、勧修寺で胴を葬られ、首は秀吉の元へ渡すため京へ移動したのでしょうか。
東山の白川橋の袂に首塚があります。
こちらは、『明智藪』から１ｋｍあまり北のところに勧修寺というところにあります。
この碑は、胴が埋葬されたことを示しています。
